御鎮座の時期については明らかでないが、『続日本紀』の文武天皇大宝2年（702年）の記事が初見になる。古くは現在の日前宮の地に祀られていたが、垂仁天皇16年に日前神・国懸神が同所で祀られることになったので、その地を明け渡したと社伝に伝える。その際、現在地の近くの「亥の杜」に遷座し、和銅6年（713年）に現在地に遷座したと伝えられる。境内に伊太祁曽神社古墳群があります。

左は、通常期の御朱印。右は、夏詣限定の御朱印でわが国最初の松煙墨と言われる藤代墨を用いた青色文字が特徴の御朱印です。